Proposition d'un terme français pour "focus stacking"

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Re: Proposition d'un terme français pour "focus stacking"

Messagede Christian » 23 Avr 2009 00:17

Re Daniel,
... les mots sont importants aussi et interagissent avec les idées

Absolument, mais on est pas ici dans un débat philosophique …
Il s'agit quand même d'un terme technique (lié à des algorithmes) sujet à encore bien des évolutions !

Algorithms for Deconvolution Microscopy - Over the past ten years, a wide variety of both simple and complex algorithms have been developed to assist the microscopist in removing blur from digital images. The most commonly utilized algorithms for deconvolution in optical microscopy can be divided into two classes: deblurring and image restoration. Deblurring algorithms are fundamentally two-dimensional, because they apply an operation plane-by-plane to each two-dimensional plane of a three-dimensional image stack. In contrast, image restoration algorithms are properly termed "three-dimensional" because they operate simultaneously on every pixel in a three-dimensional image stack.
=> http://micro.magnet.fsu.edu/primer/digi ... nhome.html
Comme d'hab, c'est dommage, on trouve pas grand chose en français ! (c'est sûr qu'en parlant des heures sur le sens d'un mot ça aide pas :lol: )

Pour ma part je garderai pour l'instant "déconvolution" car c'est un terme rapide qui correspond assez bien à ma compréhension (basique) du principe, 2D ou 3D, et qui a l'avantage d'être compris aussi bien en français qu'en anglais ...

mais j'ai une autre critique:
cela me fait penser à une mise en hélice... Je me demande d'ailleurs les raisons du choix du mot helicon en anglais par les auteurs du logiciel?

C'est je pense directement tiré de la difficulté de photographier une spirale en profondeur !
(perso j'ai toujours trouvé que leur logo ressemblait à ... , mais chut ! :D )
HeliconF.jpg


CombineZ favorise le plan Z … mais pas de logo … (dommage, il y aurait de quoi faire avec cette belle lettre !)


Jean-Marc, je suis très intéressé par tes essais avec ce nouveau logiciel (Zerene Stacker) !!
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Re: Proposition d'un terme français pour "focus stacking"

Messagede Daniel » 23 Avr 2009 09:00

Bonjour,
merci Jean MArc pour la signalisation de ce logiciel.
Il est actuellement proposé au téléchargement en version beta, fonctionnel quelques semaines.


Christian,
ta citation montre bien que les algorithmes de déconvolution servent d'abord à enlever du flou aux images. Dans un second temps, ils servent aux reconstructions 3D, en microscopie confocale ou en empilage de plans pour des images macro/micro.

Je suis allé télécharger Zerene stacker et je vais essayer de prendre un moment pour un test.
Les exemples sont spectaculaires en macro (par exemple, très joli sporogone de Laurie Knight qui mime une image MEB mais en couleur). PAr contre les proxiphotographies sont décevantes.
A priori d'après la documentation, la nouveauté serait la gestion d'images en 16 bits et de fichiers lourds (12 à 25 mégas mais avec 2 giga de mémoire disponible!)
Reste que mes ordinateurs datent de quelques années et bien que suffisants pour ma burotique et mes traitements d'images, risquent de manquer de vélocité ? A voir.

Cordialement
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Re: Proposition d'un terme français pour "focus stacking"

Messagede JPC » 23 Avr 2009 09:10

À noter, pour les utilisateurs de Mac, qu'une version Universal Binary (codes PPC et INTEL) sera disponible d'ici une petite quinzaine de jours sur leur site. 8-)

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Re: Proposition d'un terme français pour "focus stacking"

Messagede Maraussan » 23 Avr 2009 09:38

Bonjour,
Je ne peux pas me retenir, un autre beau document du même auteur, en Microscope 3D à déconvolution (ou confocale)
Dr. Nasser Rusan, Confocal-Epifluorescence & deconvolution2.JPG
Exif et Meta MicroCartouche Dr. Nasser Rusan, Confocal-Epifluorescence & deconvolution2.JPG (202.02 Kio) Vu 8163 fois

Il s'agit bien sur d'une mitose, phase de séparation.
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Re: Proposition d'un terme français pour "focus stacking"

Messagede Daniel » 23 Avr 2009 11:20

Superbe image Alain,
mais je ne peux m'empècher de penser qu'un amateur, s'il peut à la rigueur juste avec un peu d'argent, acheter un microscope à épifluorescence, plus difficilement montrer patte blanche pour se procurer les fluochromes pour immunofluorescence... ne pourra pas acheter l'ensemble nécessaire pour ce résultat en microscopie confocale. (c'est à mon avis plus facile et moins cher de trouver un MEB d'occasion fonctionnel)

Par contre, les exemples de macro photographes amateurs qui produisent des images remplaçant avantageusement en couleurs un meb à faible grandissement par de bons bricolages optiques associés à des logiciels de "focus stacking" comme combineZ qui est gratuit, sont légions, surtout parmi les microminéralogistes.
C'est une retombée positive de l'image numérique et des développements informatique des algorithmes de déconvolution.

Donc comme je crains de ne jamais avoir l'occasion de faire de la microscopie confocale, je préfère suivre les évolutions en macro/microphotographie par empilement d'images.

Cordialement

PS:
cette image est accessible sur Internet. Elle a eu une mention au concours bioscape Olympus 2005. http://www.olympusbioscapes.com/staticg ... /hm54.html
Nasser Rusan est chercheur postdoct à l'université du Massachuset.
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Re: Proposition d'un terme français pour "focus stacking"

Messagede Christian » 23 Avr 2009 16:40

Re Daniel,

ta citation montre bien que les algorythmes de déconvolution servent d'abord à enlever du flou aux images. Dans un second temps, ils servent aux reconstructions 3D, en microscopie confocale ou en empilage de plans pour des images macro/micro.

Je pense avoir différencié dès le début de ce sujet empilage et déconvolution, en appuyant sur ce dernier terme car c'est à mon avis la pièce maîtresse des logiciels type HeliconF ou CombineZ *
D'ailleurs autant pour le nom de l'un que de l'autre, le terme stacking n'est mis en avant : On y retrouve helicon (du grec helix, hélice ou spirale) + focus et combinaison de plans Z pour le dernier.
Sans ces algorithmes essentiels il n'y aurait aucune possibilité de travailler ces images. C'est pour moi le coeur de ces programmes, au passage pas des plus facile à comprendre !
Pour la restitution de profondeur (2d ou 3d) il en existe plusieurs variantes mais toujours nommées déconvolution (souvent suivie du nom de leurs auteurs). Voir les liens que j'ai cité plus haut, dont l'excellent Molecular expression.
Évidemment, et par analogie, on appelle pas "moteur" ou "carrosserie" une automobile et un terme français plus adapté à des applications très dédiées serait bienvenu.
Alors, à vos inspirations pour un terme français ! ;)

* Même si CombineZ permet aussi des opérations de suppression de bruit numérique (en utilisant un empilement de couches ou coupes uniques), je l'utilisais souvent avec ma vieille ToUcam, après extraction d'une série d'images d'un clip (beaucoup de boulot !!)
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Re: Proposition d'un terme français pour "focus stacking"

Messagede PROVENCE » 23 Avr 2009 18:22

Bonsoir,

Mon petit grain de sel, que fait on avec ces logiciels : on assemble des images planes pour reconstruire une impression de volume, je dis impression volontairement car assez souvent l'image reconstituée présentée ne correspond pas à l'idée que l'on s'est fait en observant à l'oculaire, en faisant varier quelques paramètres on peut retrouver l'image de notre imaginaire.
Ma question qui est il est vrai un peu loin du sujet est la suivante:

Que doit on présenter sur le site:
1) - La plus esthétique.
2) - La plus approchante de notre observation à l'oculaire (aspect, forme, couleur).
3) - La plus proche des documentations qui sont souvent anciennes et dessinées.

Personnellement, je rejoins Christian pour le nom que je trouve parlant pour la microscopie. En macro est ce qu'il y a un terme ?

Visitez le site Helicon, vous verrez une tete d'insecte reconstituée en 3D extraordinaire.

Cordialement
Claude
Microscope trino ZEISS PHOTOMICROSCOPE 2 , Objectif Neofluar Pol 6,3 , 16 , 25 , 63, 100 leitz 1,32
OPTO 1,25 et 1, 6 et 2, polarisation, led CREE 10 W.
Microscope trino OLYMPUS BHA, LUXEON 3 Watts,Objectif plan 4,10,40,100, Contraste de phase 10,40.
Microscope OLYMPUS VANOX Episcopie interférentiel et compound, Leds 20 W(épi) et 10 W (transmise).Objectif: 5, 10, 20, 50, 100 MSplan infini, Optovar 1 et 1,25 et 1,50.
Loupe bino Zeiss STEMI DV4
Camera DCM 310 3 Mp et 2 DCM 510 5Mp, Kalinu 14 Mp
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Re: Proposition d'un terme français pour "focus stacking"

Messagede Christian » 23 Avr 2009 18:43

Bonjour Claude,

Les logiciels du genre Hfocus ou CZ (en 2d) permettent de cumuler différents plans (ou coupes optiques) et reconstituer une image nette sur l'ensemble.
C'est très intéressant mais rend souvent moins l'impression de volume que lorsqu'il y a des plans flous !
Par ailleurs il faut se méfier des artefacts ...

Que doit on présenter sur le site ...

Ce qui te semble le plus proche de ta réalité et de ton esprit scientifique, voir artistique, on peut cumuler :D
A part ça, je pense qu'il est toujours bon d'indiquer tout traitement numérique un peu invasif.
On peut aussi présenter avec et/ou sans traitements, et je pense (comme mes collègues) qu'il est bon de rester critique sur ses propres observations ...
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Re: Proposition d'un terme français pour "focus stacking"

Messagede cnickelfr » 23 Avr 2009 23:44

Bonsoir,

A mon avis, stack focusing ne veux rien dire non plus en anglais, c'est du jargon. 'Extended Depth of Field' , me paraît être une meilleur appellation qui du coup se traduit plus simplement par profondeur de champ étendue et/ou extension de profondeur de champ selon que l'on parle du résultat ou de la technique elle même. Il existe un plugin pour ImageJ qui est capable de faire ce genre de chose (http://bigwww.epfl.ch/demo/edf/). La méthode la plus courante est de combiner les zones nettes de chaque 'slice' du 'stack' (chaque plan de la pile ou chaque image de la série, as you like) pour former une seule image résultante, la netteté étant évaluée suite à une décomposition par ondelettes. C'est la méthode employée, je pense, par la plupart des logiciels comme combineZ, iris etc...
Au passage je vous signale un autre plugin réalisé par cette même (excellente) équipe pour composer des mosaiques : mosaicJ (http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/mosaicj/).

La déconvolution est une tout autre affaire. Il s'agit de restaurer l'image en fonction de ce que l'on sait des déformations causées par le système optique. Il faut donc caractériser ce système préalablement. Théoriquement après déconvolution on obtient une représentation réelle de l'objet et non plus son image par un système optique. Imaginons que l'on fasses l'image d'un bille dont la taille est inférieure à la résolution du microscope. On obtiendra dans l'image une 'tache' dont le diamètre apparent dépendra de la résolution. Après déconvolution on obtiendra en théorie une image de la bille à la bonne taille. Naturellement ça ne marche pas aussi bien que ça à cause du bruit de fond du système d'acquisition et aussi car il est impossible de caractériser suffisamment précisément le déformations causées par l'optique. La technique est utilisée dans bien des domaines notamment l'astronomie : 2 étoiles très proches n'en feront qu'une dans l'image, après déconvolution on pourra les séparer. C'est utilisé également en microscopie optique, mais cette fois il faut faire des acquisition en 3D (des Z stacks) et connaitre la déformation engendrée en 3D par le système optique (en astronomie pas besoin, les objets sont à l'infini). On obtient alors après déconvolution, une représentation 3D de l'objet.

La microscopie confocale c'est encore autre chose. Là, c'est à l'acquisition que l'on réduit la profondeur de champ de l'image à l'aide d'un diaphragme qui empêche les rayons lumineux ne provenant pas du plan focal d'atteindre le capteur. Rien à voir avec du traitement d'image. Comme on obtient des images de très faible profondeur de champ (<1µm et que l'on appellera des sections optiques) on peut réaliser des séries de sections optiques (donc des Z stacks) et reconstituer l'objet en 3D (comme si on faisait des coupes sériées au microtome, mais avec un résolution en Z inférieure au micromètre).

Au final déconvolution et microscopie confocale permettent d'obtenir un résultat similaire : une image 3D mais la manière d'y arriver est bien différente. Ce n'est pas comparable à la technique évoquée ici, l'extension de profondeur de champ, dont le résultat est une image 2D.

PS : si vous avez des images de coupes sériées n'hésitez pas à me contacter j'aimerai bien essayer de faire une reconstruction 3D, ;) ...
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Re: Proposition d'un terme français pour "focus stacking"

Messagede Christian » 24 Avr 2009 00:57

Bonjour Chris,
Merci beaucoup pour ces précisions !
J'ai passé plusieurs heures à rechercher les algorithmes utilisés par nos logiciels favoris (CZ et HF) et il semble effectivement que pour ceux-ci les déconvolutions ne soient pas à l'honneur … (contrairement à ce que j'ai pu lire au cours d'autres recherches et proposé plus haut).
Comme tu le signales, ces logiciels utilisent plutôt des algo de "deblurage", les déconvolutions quant à elles impliquant une caractérisation du matériel.
Voilà qui remet un peu d'ordre dans ce sujet ma foi pas simple du tout !
(je ne parlerai plus de déconvolution :loco: et je retourne observer mes lichens ;) )

Pour les séries de coupe, je pense que tu pourras trouver ici des contributeurs !
A+

Au passage, un lien un peu ancien mais intéressant : http://www.crystalcanyons.net/pages/Tec ... Macro.shtm
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